Vaikka Augsburgin kaupungissa ei varsinaisesti käyty 30-vuotisen sodan taisteluita, se kärsi sodasta ja sen tuomista kärsimyksistä niin, että kesti vuosikymmenet, ennenkuin Augsburg taas pääsi jaloilleen. Huhtikuun 20. päivänä 1632 Ruotsin joukot valloittivat kaupungin ja poistuivat sieltä vasta 3. maaliskuuta 1635. Vaikka kaupungin väestö ei menehtynyt taisteluissa, kuoli näinä vuosina kolme neljäsosaa kaupungin 45.000 asukkaasta tauteihin, nälkään ja muuhun kurjuuteen. Kaupungin läheisissä kylissä kuolleisuus oli jopa 90% väestöstä. Ruotsalaisten poistuttua kaupungista ei löytynyt enää kissoja ja koiria, rotatkin oli otettu ihmisten ruoaksi. Talvella 34/35 kaupungissa löytyi jopa kannibalismia. Tämä sen ajan Fuggerien-suvun rikas Euroopan metropoli oli tullut tiensä päähän. Kaupunki, jossa vielä vuonna 1555 oli julkaistu ns. "Confessio Augustana" oli itse kärsinyt eniten. Alunperin oli Confessio Augustanan tarkoitus yhdistää protestanttinen ja katolinen uskonto niin, että tulevaisuuden riidoista ja sodista vältyttäisiin.
Augsburgissa ei 30-vuotisen sodan tapahtumia ole unohdettu ja kaupungin museoista löytyy paljon tietoa näistä vuosista. Joka kesäiset ulkoilmajuhlallisuudet kaupungin vanhalla muurilla tuovat keskiaikaiset tapahtumat kaupungin nykyisten asukkaiden nähtäväksi ja kuultavaksi. Augsburg on turistille tosi mielenkiintoinen kohde.
